我国“犯罪事实清楚，证据确实、充分”的公诉证明标准强调的是事实认定的确定性和证明的客观性，是一种排他性的绝对确定的客观标准。客观真实论以辩证唯物主义认识论为基础，认为刑事诉讼必须完全查明案件的客观真实，显然是具有积极意义的。在防止滥用公诉权，惩罚犯罪，保障人权，防止冤假错案，实现司法公正方面发挥了十分重要的作用。但这一排他性客观证明标准同时存在着难以克服的内在缺陷和种种弊端，很大程度上制约了检察机关公诉职能充分有效的发挥，不利于刑事诉讼目的的全部实现。
现行公诉证明标准与侦查终结和判决有罪的证明标准相同，不符合认识论关于认识渐进发展的规律，也没有体现出公检法三机关的职权分工。刑事诉讼是一个由立案、侦查、起诉、审判各阶段构成的依次渐进的发展过程。刑事诉讼过程就其本质而言，是一个证明过程;从认识论角度而言，证明过程又是一个认识过程，二者具有一致性。对案件事实的证明也必须遵循认识论的一般原理，逐步地、渐进地由感性认识上升到理性认识，从证明标准的角度看，也必须由低到高，逐步达到定案的标准，换言之，不同的诉讼阶段应当适用不同的证明标准。从立案、逮捕到侦查终结，不同诉讼阶段证明标准有所不同，那么，为什么到了移送起诉、提起公诉和审判阶段，又要求坚持同一标准呢?“事实清楚，证据确实、充分”标准背后体现的是一种“绝对的确定性”、“客观的确定性”，那么，要求在审判前的程序中就达到这种最高程度的证明，显然存在逻辑上的矛盾。因为，既然侦查程序、起诉程序就要求结论绝对正确，那为什么还需要审判程序呢?[3]而且也不符合诉讼过程中认识渐进发展的上升性、递进性规律。更何况提起公诉并不意味着案件的终结，因为从性质上讲，起诉权仅仅是一种司法请求权，毕竟，法院才是案件的最终裁决者。因此，我国在刑事证明标准问题上过于强调“绝对的确定性”，忽视了司法人员对案件认识的渐进性及其对案件事实的主观判断，因而得出了诉讼三阶段证明标准同一的结论，这不符合刑事诉讼的逻辑性。
以客观真实作为公诉证明标准过分夸大了真理的绝对性和人类认识能力的至上性，也不符合诉讼活动特有的规律。客观真实要求诉讼中认定的案件事实与客观上曾经发生的案件事实完全一致，要求司法人员主观认识必须符合客观实际。然而，刑事诉讼不同于一般的认识活动，有其自身的特殊性，要真正实现这一目标，实际上是不可能的。其一，从人的认识能力来看。辩证唯物主义认识论在坚持可知论的同时，又认为人类对事物的认识能力是无限与有限的统一，是绝对与相对的统一。就人类对客观世界的认识能力而言，是无限的;但对一个具体事物的认识，又只是一定程度和一定范围的接近真理，而不可能完全客观地反映客观现实。因此，刑事诉讼作为一种认识活动，是不可能完全客观地反映案件的真实情况的。其二，从诉讼活动的性质来看。刑事诉讼活动是一种历史性的回溯证明，而案件是已经发生的事实，时间的不可逆性决定了过去发生的事情不可重演。证明过程是一种特殊的认识活动，包含着一系列法律价值选择和实现的过程。“在这里，不仅用作证明的证据本身需要具备证明力和证据能力，而且证明活动本身要受到一系列诉讼原则的限制”。[4]诉讼过程只能是一种法律拟制或者法律意义上的真实，即法律真实。在法律真实的要求下，对案件事实的认识不是实验室里的科学实验和技术验证，而是依据一定证据所进行的主观思维活动，它不同于客观真实，“客观真实必须是完全正确的，而法律真实的概念本身就隐含着误差的可能性”。[5]但不能就此认为法律真实可以完全脱离客观真实。相反，法律真实证明标准的确立，是建立在客观真实基础之上的真实，法律真实如果完全背离了案件的客观真实，就会变成无源之水、无本之木。由此可见，客观真实作为诉讼外的真实，只是一种诉讼理想，是难以实现的终极价值;法律真实则是手段和标尺，是实现客观真实的可操作性标准。
缺乏可操作性，制约了公诉职能的充分发挥。以客观真实作为公诉证明标准，带有很强的主观色彩，在实践中难以形成一个明确的、可操作性的标准，以致认定案件事实时不易形成共识，造成不少问题，削弱了对犯罪的打击力度，一定程度上抑制了公诉职能作用的有效发挥。
现行公诉证明标准助长了对实体公正的过分追求，容易诱发违法现象，甚至导致冤假错案。为了查明案件事实真相，及时办结案件，有些司法人员不惜采取威胁、利诱、指供甚至刑讯逼供等违法行为获取证据，而刑讯逼供等非法取证手段是造成冤假错案的一个重要原因;有些证据一时难以收集，案件便久拖不决，造成了犯罪嫌疑人、被告人的超期羁押，从而导致国家司法权力的滥用和对公民权利的践踏。
二、国外公诉证明标准的考察
英美法系国家主要通过一系列的判例、单行法规或者一些行业规则对公诉证明标准作出规定。在英国，关于起诉或提起公诉的标准，《皇家检察官法》(第四版，2000年Crown版权)第4、5、6条作了详尽的规定。检察官决定起诉必须符合两项标准：首先是证据标准。通过审查案件，皇家检察官必须确认已有足够证据使对每个被告人的每一项指控都有“现实的定罪预期”。所谓“现实的定罪预期”是一种客观的检验标准，意味着陪审团或治安法官在法律的正确指导下，很可能对被指控的被告人定罪，此即“百分之五十一规则”。[6]而这一标准与拘捕的证据标准(合理怀疑)和审判定罪的证据标准(排除合理怀疑)均有所不同。皇家检察官决定起诉时，既要审查警察提供的证据是否充分、合法、可靠，又要考虑被告方可能从哪些方面辩护及其对诉讼造成的影响;其次是公共利益标准。对于有足够证据提供了“现实的定罪预期”的案件，皇家检察官必须考虑公共利益，如果反对起诉的公众利益因素多于支持的因素，不能提起公诉;这些因素通常取决于罪行的严重性和嫌疑人的情况。简言之，在英国，起诉既要有定罪的现实可能性，又要符合公共利益。在美国证据法则和证据理论中，将证明的程度分为九等，即：(1)绝对确定;(2)排除合理怀疑;(3)清楚和有说服力的证据;(4)优势证据;(5)可能的原因;(6)有理由的相信;(7)有理由的怀疑;(8)怀疑;(9)无线索。[7]在这些证明标准中，不仅包括法院定罪的标准，而且包括检察机关起诉的标准，还包括侦查机关采取重大侦查行为应当遵循的标准和被告方在例外情况下承担举证责任时应当遵循的标准，即在不同的诉讼阶段和对不同的诉讼主体适用不同的证明标准，证明标准体现出可能性或确定性程度方面的变化。美国起诉由大陪审团审查决定或由检察官直接决定起诉，其证明标准大体与英国相同，有足够的证据是起诉的首要条件，而且，“提起公诉既要考虑法院作出大量无罪判决的情况，也要考虑民众的反映、社会公共利益及国家政治需要”。[8]同时，强调对严重危害社会治安的犯罪应当起诉。美国法律家协会制定的《刑事检控准则》第9条规定：“对于那些严重威胁社会公众的案件，即使检察官所在的司法管辖区的陪审团往往对被控犯有这类罪行的人可能判无罪，检察官也不得因此而不予起诉”。在一些州，对不同性质犯罪实行不同的起诉证明标准。例如在华盛顿州，证据充分性就有两种检验标准：一项标准适用于侵犯人身权的暴力犯罪，对侵犯人身权的犯罪，只要可获证据足以将案件完成送至陪审团裁定即应起诉;而对其他犯罪，则要求是在证据充分足以使有罪判决成为可能时才应起诉。[9]
大陆法系国家一般通过成文法明确检察机关提起公诉的证明标准。在德国，关于起诉的条件规定为：须“在有足够的事实根据时，检察院具有对所有的可予以追究的犯罪行为作出行动的义务”。在检察院起诉之后，则由对案件审判享有管辖权的法院裁判是否开始审判程序或暂时停止程序，此时，须“认为被诉人有足够的犯罪行为嫌疑”，方可裁定开始审判。[10]在法国，公诉证明标准是“控告是否有足够的证据”或者“控告是否充分”，检察官只有在“控告有足够的证据”的情形下，才能提起公诉。在日本，侦查大体上有了眉目就要决定起诉或不起诉。对于检察官提起公诉应具备的条件，日本法学界曾展开激烈的争论。目前已达成的共识是：检察官起诉必须具备一定的证据，检察官在完全不具备有罪证据或证据极不充分的情况下提起公诉，是滥用职权的行为。但不一定要达到法院有罪判决所要求的证明程度。在检察实务中，一般采用有犯罪嫌疑作为标准，并认为“被嫌疑事实，根据确实的证据，有相当大的把握可能作出有罪判决时，才可以认为是有犯罪嫌疑”。[11]
关于公诉证明标准，尽管两大法系国家在法律规定、表现形式和具体操作上各有不同，然而，通过比较研究，仍可发现许多共同之处：(1)提起公诉很慎重，都将定罪的可能性纳入证明标准。如英国和美国的公诉证明标准中的起诉要有“现实的定罪预期”或“定罪的现实可能性”，德国公诉证明标准中“有足够的事实根据”，日本公诉标准中的“有犯罪嫌疑”等等，都要求起诉有相当大的把握，或极有可能被法院判决有罪，同时综合考虑社会公共利益。(2)不同的诉讼阶段适用不同的公诉证明标准。无论英美法系还是大陆法系国家，都认为审查起诉时所依据的证据不完全等同于法庭审理可能提出的证据，检察官在决定起诉时，对于证据证明力的判断具有一定程度的不确定性;而且，起诉并不意味着侦查的终结，控方在决定起诉后仍可以继续收集有关的证据。因此，起诉的证明标准介于逮捕与法院判决证明标准之间。(3)不同的证明对象适用不同的证明标准。两大法系国家都将刑事证明标准划分为多个等级，针对不同的诉讼程序或诉讼行为，采用不同的证明标准。就检察机关提起公诉而言，也往往针对不同性质的案件，采用不同的证明标准。不仅如此，对于案件的不同事实，也往往适用不同的证明标准。如在德国刑事诉讼理论中，常使用“证明”和“说明”两种概念。凡使法官确信某一案情事实的，用“证明”这个概念;而“说明”意味着对诉讼事实只要一定程度的可信性。[12]而在英美国家，则根据所要证明的罪行轻重适用不同的证明标准。
三、我国公诉证明标准的重构
现行公诉证明标准要求检察机关提起公诉时即掌握了“确实、充分”的证据，并依此查明全部案件事实，显然不合乎诉讼规律，具有不现实性和理想化的倾向。因此，学习和借鉴国外一些有益经验，改革和完善我国现行公诉证明标准尤为迫切：
改变目前“客观真实”的证明标准，构建一种符合诉讼规律、包容主观因素和客观因素、兼顾公正与效率、均衡社会公共利益、可操作的新的公诉证明标准：“有足够证据证明对被告人的指控极有可能导致有罪判决”。尽管这一表述与英美国家的“现实的定罪预期”或“定罪的现实可能性”很近似，但内在要求不同，其标准要远高于“百分之五十一规则”。不同诉讼阶段适用不同的证明标准符合诉讼渐进发展的规律，体现了移送起诉、提起公诉对犯罪嫌疑人的定罪仅是一种或然性的理由，从而给被告方提供了较大的辩护空间，有利于审判机关客观、全面地查清案件事实，这是与公、检、法三机关的职能、任务以及控辩式庭审方式的要求相一致的。同时，从性质和功能看，检察机关应当是一个能动的积极的维护国家法律秩序的机关，过分抑制公诉发动是不适当的。而适当降低公诉证明标准，有利于检察机关职能的发挥。
针对不同性质的犯罪和案件的不同事实，实行判别性、多层次的证明标准。
其一，对不同性质的案件适用不同的证明标准。一是对严重危害社会治安和公民人身、财产和安全的案件，出于维护国家政治稳定和社会公共利益的考虑，起诉时可适用较低的证明标准。二是对一些取证难的案件，如贿赂犯罪，为加大反腐败力度，可适当降低证明标准。三是对于那些情节较轻或轻微、社会危害性较小的犯罪，则设立较高的证据标准;如证据不十分充分，可以转为其他方式处理而不起诉，有利于保障人权并节约司法资源。
其二，对实体法事实和程序法事实实行有差别的证明标准。一是对于犯罪构成要件的事实，适用相对最高的证明标准。因为这类事实关系到罪与非罪、此罪与彼罪的界限以及犯罪主体的确定，影响到刑罚权的正确适用以及当事人的人身自由、财产甚至生命权的处分问题，特别是对于犯罪主体，一定要达到绝对确定的程度。二是对于量刑情节。从保护公民合法权益出发，对其不利情节的证明应适用较高的证明标准，而对其有利情节可适用较低的证明标准。三是对程序法事实，如回避、强制措施、诉讼期限、违反法定诉讼程序方面的事实，可适用较低的证明标准，以确保诉讼效率。
其三，对推定的事实无需证明。在刑事诉讼中，从已证的事实直接认定另一事实的存在，除非被追诉者提出反证加以推翻，这就是推定。对推定事实，检察机关无需证明，其证明责任在于被追诉方。我国《刑法》第395条规定的巨额财产来源不明罪就是一个典型：只要查明国家工作人员的财产或者支出明显超过合法收入，差额巨大，本人不能说明其来源合法的，即可认定构成犯罪。