“两会”的召开，使“三农”问题再度成为人们关注的焦点，在中国特定的环境下，十三亿人口中九亿人口的庞大比例使得我们不得不去重视农村和农民有关的问题，而农村基础教育又是农村和农民有关的问题的重中之重，它对“三农”问题的解决，对我国经济社会全面协调发展，加快社会主义现代化建设都有着重要意义。但是，就目前我国农村基础教育的现状而言，却不容乐观，仍然存在许多亟待解决和完善的问题。
一、“以县为主”财政管理体制存在问题
农村税费改革后，农村基础教育的投入制度改为“以县为主”，即将农村义务教育纳入县级财政预算，主要由县级财政来投资农村基础教育。这一改革，尽管遏制了原先的乱收费、乱集资、乱摊派，减轻了农民负担，但是并未从根本上解决农村基础教育的投入问题，因为县乡财政原本是一体的(在许多地区，县乡财政一直都没有完全分开)，将农村基础教育的投资主体从乡镇改为“以县为主”，是一种“换汤不换药”的做法。“以县为主”，从县级人民政府角度讲，最关键、最核心的是保证对全县教育需求提供较为充裕的供给，对全县教育资源进行高效合理配置。但对于我国经济不够发达的中西部地区，如果没有中央和省级财政转移支付，连干部和教师的基本工资都无力保障，更谈不上为教育需求提供充裕供给;并且，县级财政并不比乡镇财政好到哪里去，它们基本都是“吃饭财政”，甚至不少是“欠债财政”供养人员“吃饭”尚且阙如，何来资金投入农村基础教育发展。为此，在财政束缚下，县级政府只好拼命地控制甚至压缩教育编制，大范围地撤并农村中小学校。
二、农村费税改革对教育经费来源冲击不小
农村税费改革涉及到教育方面主要是“两个取消”，即取消农村教育集资，取消农村教育费附加。这两项教育经费来源取消后，使目前本已严重不足的教育经费更加短缺，给农村基础教育的发展和农村学校的正常运转带来重重困难。县财政只能保证教师工资，乡财政困难，哪来资金投入教育，因此费税改革后，教育投入不减只能是句大话、空话。而有些地方“教育附加费”被取消后，有些学校每年就减少了十几万元经费，而由于1997年“普九”验收和“排危”等负债累累，原先计划用农村教育附加费、集资逐年偿还，现在取消了这些收费项目，学校失去了还债之源，学校的生存和发展收到了极大的考验。
城市教育基本达到现代化，经费的不足导致农村中小学仍然是一个教师一本书、一支粉笔一堂课。全国政协委员文家庭指出，农村与城市相比，教师素质相差越来越悬殊，教师的工资、福利待遇相差越来越悬殊，教学的设备、条件相差越来越悬殊，致使城市与农村的教学质量相差越来越悬殊，农村的教学质量严重滑坡。
三、预算管理中问题不少
教育预算管理体制和机制不健全，也是影响农村基础教育资金使用效益的重要原因。
1.人员经费预算
在中国的农村基础教育体制中，教师根据报酬和素质分成两类：公办教师和代课教师。代课教师起源于50～70年代由农村集体设立的“民办学校”(区别于“公立学校”)，这些学校的教师也称为“民办教师”，他们是由集体付报酬，不是政府正式工作人员，他们的任职条件也不那么严格。从80年代初期开始，农村集体组织开始解体，农村学校和城镇学校(公办学校)之间的界限消失了。1986年，中央政府要求通过逐步取消民办教师而把两类教师合并。这主要通过停止聘用新的民办教师、逐步把现有民办教师转为公办或现有民办教师退休来实现。到1990年，中央政府要求立即取消民办教师类别，把所有民办教师转为政府工作人员。然而实施“以县为主”后，有些县级财力薄弱的县，即使是现在，农村地方政府仍然发现无论从财力上和师资供应上，很难大量提高公办教师数量以满足农村学校的需要。作为一种权宜之计，新的一类“代课教师”取代了民办教师，两者工资待遇差别很大，在某些县，一个最低级别的公办教师的月收入在400元以上，而一个代课教师根据其级别其工资只有56～160元，代课教师的大量存在，表明地方政府很难或不原意执行中央政府的教育政策。在财政地方化之后，中央制定标准的政策变成无经费式命令，结果是给下级政府造成经费困难。代课教师现象也许反映了地方政府对工资灵活性的偏爱。随着越来越按沿海地区和城镇地区的水平来制定全国统一的工资待遇，而这些全国统一工资待遇又大大高于当地的工资水平，地方政府不愿意或无力支付这些工资。为了解决这个问题，只好以牺牲教育质量为代价，依靠民办教师或代课教师。